Recrutement

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These : Développement de supports solides fonctionnalisés par des aptamères pour l'analyse d'ions présents à l'état de trace dans des échantillons complexes

Edité le 13/05/2020

Mots clés : chimie analytique, traitement de l'échantillon, aptamères, ions

Directeur de thèse : Professeure Valérie PICHON, valerie.pichon@espci.fr; Tél. : 01 40 79 47 72, Laboratoire de Sciences Analytiques Bioanalytiques et Miniaturisation, UMR Chimie, Biologie et Innovation 8231, ESPCI Paris, PSL Université, 10 rue Vauquelin, 75005 Paris

Résumé du projet

Les aptamères sont des simples brins d'ADN ou d'ARN synthétiques de quelques dizaines de nucléotides qui sont capables de fixer spécifiquement un ligand qui peut être une molécule ou un ion. Différents aptamères ayant chacun une grande affinité pour un ion donné seront immobilisés sur des supports solides pour extraire, concentrer et purifier les ions avant leur analyse en spectrométrie de masse par plasma à couplage inductif. Les protocoles d'extraction sélective des ions ciblés (Pb2+, Cd2+ et Hg2+) contenus initialement à l'état de traces dans des échantillons environnementaux complexes (eaux et extraits de sols) seront optimisés et les performances des oligosorbants ainsi obtenus seront caractérisées et comparées pour la première fois à celles des polymères à empreintes ioniques. La miniaturisation de ces supports sera également étudiée.

CONTEXTE SCIENTIFIQUE GÉNÉRAL

Les aptamères sont de simples brins d'ADN ou d'ARN synthétiques de quelques dizaines de nucléotides qui sont capables de fixer spécifiquement et avec une grande affinité un ligand qui peut être une molécule ou un ion. Cette propriété peut être mise à profit dans le traitement de l'échantillon, en particulier en extraction sur phase solide (SPE) [1]. En effet, des supports fonctionnalisés par des aptamères, dits oligoadsorbants, permettent d'extraire et de préconcentrer sélectivement un composé avant son analyse. Ceci permet d'améliorer très sensiblement la sensibilité de la méthode analytique globale, même lorsque des détecteurs aussi performants qu'un spectromètre de masse sont utilisés puisqu'ils sont sensibles aux effets de matrice.

Jusqu'à présent, les études alliant aptamères et SPE publiées au niveau international et les travaux réalisés au laboratoire concernant les oligoadsorbants ont quasi-exclusivement ciblé des molécules [1-6]. Or, des aptamères spécifiques d'ions ont également été décrits et utilisés pour développer des capteurs [7], mais très rarement pour faire du traitement de l'échantillon [8]. Ainsi, la fonctionnalisation de supports solides avec un aptamère spécifique d'un ion pour mettre en oeuvre une extraction sur phase solide sélective de cet ion contenu initialement à l'état de trace dans des échantillons complexes serait innovante. De plus, les performances de ces nouveaux supports seront comparées pour la première fois à celles obtenues avec des polymères à empreintes ioniques, qui constituent un autre savoir-faire du laboratoire (une thèse soutenue et deux autres en cours sur cette thématique (M. Boudias et P. Cao) [9,10]. Enfin, la miniaturisation de ces oligoadsorbants apporterait un aspect innovant supplémentaire à ce projet, puisque ceci n'a déjà été réalisé que par 2 équipes dans le monde, dont celle du laboratoire, et pour extraire non pas des ions mais des molécules [2,11].

Description des différents objectifs et de la stratégie envisagée pour les atteindre.

Le premier objectif est d'immobiliser des aptamères spécifiques d'un ion sur un support solide afin d'extraire par SPE en format usuel (quelques dizaines de mg de phase solide introduits dans une cartouche) cet ion contenu à l'état de trace dans un échantillon complexe avant son analyse par spectrométrie de masse par plasma à couplage inductif (ICP-MS). Les aptamères seront produits à façon par des sociétés spécialisées à partir de séquences déjà décrites dans la littérature, puis immobilisés selon les protocoles déjà mis en oeuvre par le passé au laboratoire. Trois ions pour lesquels des aptamères ont été décrits seront ciblés : Cd(II), Hg(II) et Pb(II) [12-14]. Chaque support sera caractérisé par l'étude de sa sélectivité, c'est à dire son aptitude à extraire l'ion cible par rapport à un oligoadsorbant fonctionnalisé par un aptamère non spécifique de l'ion cible, et de sa spécificité, c'est-à-dire son aptitude à extraire l'ion cible par rapport à d'autres ions dits interférents susceptibles d'être présents dans l'échantillon. L'étude de différents paramètres, tels que la capacité, les volumes de fin de fixation ou les interactions non spécifiques, permettra d'optimiser les protocoles d'extraction et de déterminer alors les rendements d'extraction et facteurs d'enrichissement. Ces mesures seront tout d'abord faites avec des milieux purs dopés puis avec des échantillons réels dopés ou certifiés (eaux environnementales et extraits de sols). Les performances de ces oligoadsorbants seront alors comparées à celles obtenues avec des polymères à empreintes ioniques qui sont actuellement en cours de synthèse et de caractérisation au laboratoire dans le cadre de l'ANR Surimi (AAP 2018, thèse P. Cao). Toutes les analyses seront faites après extraction par ICP-MS, équipement déjà présent au laboratoire.

Ensuite, la miniaturisation de ces supports sera étudiée. Les aptamères seront alors greffés sur des supports solides monolithiques synthétisés directement dans des capillaires de quelques dizaines de micromètres de diamètre interne. La miniaturisation des oligoadsorbants a déjà été étudiée au LSABM en synthétisant un monolithe par voie Sol-gel [2]. Une approche de synthèse par voie organique sera alors envisagée dans le but d'améliorer la robustesse de la synthèse. D'autres paramètres tels que la perméabilité, la surface spécifique ou la taille des pores sur les propriétés d'extraction seront étudié. Des applications à des échantillons réels seront faites une fois les protocoles d'extraction optimisés.

[1] V. Pichon et al., Aptamer-based-sorbents for sample treatment – a review, Anal. Bioanal. Chem. 407 (2015) 681

[2] F. Brothier and V. Pichon, Miniaturized DNA aptamer-based monolithic sorbent for selective extraction of a target analyte coupled on-line to nanoLC, Anal. Bioanal. Chem. 30 (2014) 7875

[3] A. Wassim Hadj and V. Pichon, Characterization of oligosorbents and application to the purification of ochratoxin A from wheat extracts, Anal. Bioanal. Chem. 406 (2014) 1233

[4] V. Pichon and coll., Novel extraction supports based on immobilized aptamers: evaluation for the selective extraction of cocaine, Talanta 85 (2011) 616

[5] V. Pichon and coll., New extraction sorbent based on aptamers for the determination of ochratoxine A in red wine, Anal. Bioanal. Chem. 400 (2011) 1199

[6] V. Pichon and coll., Determination of cocaine in human plasma by selective solid-phase extraction using an aptamer-based sorbent, Anal. Chem. 81 (2009) 7081

[7] F. Li et al., Electrochemical aptamer-based sensors for food and water analysis: a review, Anal. Chim. Acta 1051 (2019) 1

[8] Y.-K. Li et al., Functionalized magnetic composites based on the aptamer serve as novel bio-adsorbent for the separation and preconcentration of trace lead, Talanta 203 (2019) 210

[9] V. Pichon and coll., Potential of ion imprinted polymers synthesized by trapping approach for selective solid phase extraction of lanthanides, Talanta, 161 (2016) 459

[10] V. Pichon and coll., Selective solid phase extraction of lanthanides from tap and river waters with ion imprinted polymers, Anal. Chimica Acta, 963 (2017) 44

[11] A. Marechal et al., In-line coupling of an aptamer based miniaturized monolithic affinity preconcentration unit with capillary electrophoresis and laser induced fluorescence detection, J. Chromatogr. A 1406 (2015) 109

[12] S. M. Taghdisi et al., An electrochemical aptasensor based on gold nanoparticles, thionine and hairpin structure of complementary strand of aptamer for ultrasensitive detection of lead, Sensor Act. B 234 (2016) 462

[13] H. Abu-Ali et al., Development of novel and highly specific ssDNA-aptamer-based electrochemical biosensor for rapid detection of Mercury (II) and Lead (II) ions in water, Chemosensors 7 (2019) 27

[14] H. R. Lotfi Zadeh Zhad et al., A reagentless and reusable electrochemical aptamer-based sensor for rapid detection of Cd(II), J. Electroanal. Chem. 803 (2017) 89

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These : Optimisation of organic molecule separation and detection by gas chromatography using MEMS technologies for in situ analysis of extraterrestrial environments

Edité le 24/03/2020
Intitulé du sujet: Optimisation of organic molecule separation and detection by gas chromatography using MEMS technologies for in situ analysis of extraterrestrial environments
 
Le sujet de thèse proposé porte sur le développement d'un microGC pour des applications spatiales.
 
Lieu de travail : Laboratoire SMS - IRCOF - Mont Saint Aignan
 
Prise de fonction: 1er octobre 2020
 
Cette thèse se déroulera en collaboration avec le LATMOS et sera co-financée par la région Normandie.
 
 
Date limite de candidature : 31 mars minuit
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Emploi : Technicien(ne) en chimie analytique - PILI, TOULOUSE, FRANCE, CHIMIE ANALYTIQUE, TEMPS COMPLET

Edité le 04/03/2020

PILI est une jeune entreprise innovante de biotechnologie créée en 2015. Notre mission est de développer, en alternative à la synthèse pétrochimique, une production de colorants et pigments basée sur les procédés de fermentation et la catalyse enzymatique. Nous sommes convaincus que la prochaine génération de ces produits doit impliquer des modes de production plus durables. Les microorganismes permettent de combiner efficacement la durabilité, la sûreté et la performance dans la production de molécules organiques.

Notre laboratoire est situé au centre d'excellence Toulouse White Biotechnology (TWB), un démonstrateur pré-industriel dont l'objectif est d'accélérer le développement des biotechnologies industrielles. Dans cet environnement privilégié, nous souhaitons réinventer la production des colorants à l'aide de la biologie synthétique et de la chimie organique moderne. Nos produits sont destinés à intégrer toutes les applications qui utilisent de la couleur, des textiles aux encres en passant par les (bio)plastiques.

Nous recherchons un technicien(ne) en chimie analytique avec de l'expérience en préparation d'échantillons pour intégrer notre équipe de chimie analytique afin de poursuivre le développement de nos gammes de colorants et pigments biosourcées dans le centre de recherche basé à TWB.

COMPETENCES

  • Compétences en HPLC/UV, HPLC/MS
  • Autonomie dans la réalisation d'analyses chimique : Préparation d'échantillons (Extraction liquide-liquide, dissolution), pilotage d'appareil, retraitement des résultats
  • Connaissances en chromatographie préparative appréciées
  • Support au développement de méthodes analytiques
  • Maitrise de l'anglais technique
  • Maitrise de l'outil informatique (Pack office, Chromeleon, MassHunter)
  • Rédaction de rapport et de compte rendu, présentation orale

EXIGENCES

  • DUT/BTS ou Licence pro en chimie analytique
  • Expérience de 2 ans en analyses HPLC
  • Expérience en préparation d'échantillons biologiques
  • Autonomie dans le travail, esprit d'équipe et rigueur
  • Anglais: technique ; Français: courant

CONDITIONS

  • Date de début du contrat : Mai 2020
  • Rémunération: A partir de 23 k€ brut annuels en fonction du profil
  • Contrat à durée déterminée de 1 an renouvelable et convertible en CDI

Pour en savoir plus sur PILI, vous pouvez consulter notre site pili.bio ou nos tweets @pili_bio

Les candidatures (CV et lettre de motivation) doivent être envoyées par mail à: careers@pili.bio

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Emploi : MAITRE DE CONFERENCES CONTRACTUEL / ATER en Sciences Analytiques - CDD d'un an

Edité le 28/02/2020
Contexte :
 
L'École Supérieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris) est une école d'ingénieur renommée qui allie recherche d'excellence (1 publication par jour), innovation (1 brevet par semaine, 3 start‐up par an) et formation interdisciplinaire par la recherche. Elle accueille 400 élèves ingénieurs, 600 chercheurs dans 11 unités mixtes de recherche. L'enseignement et la recherche se situent à la croisée du savoir et du savoir‐faire en physique, chimie et biologie.
 
 
PROFIL DU POSTE
 
 
Missions et responsabilités :
 
ENSEIGNEMENT
 
Le(a) candidat(e) retenu(e) devra participer aux travaux pratiques accompagnant le cours "Sciences Analytiques" intervenant en seconde année du cycle ingénieur (début de l'enseignement janvier 2021). Cet enseignement couvre les aspects théoriques et pratiques des méthodes séparatives, les chromatographies en phase gazeuse et liquide, l'électrophorèse capillaire, les couplages chromatographies‐spectrométrie de masse, le traitement de l'échantillon et l'analyse quantitative. Le(a) candidat(e) devra prendre en charge une partie des séances des travaux pratiques, sa charge horaire sera de 135h de TP. A l'ESPCI la charge d'enseignement annuelle est de 135h TP, il s'agit donc d'un poste d'ATER à temps plein.
 
RECHERCHE
 
Le(a) candidat(e) retenu(e) sera intégré(e) dans le Laboratoire Sciences Analytiques, Bioanalytiques, et Miniaturisation localisé à L'ESPCI et dirigé par Valérie Pichon (équipe de l'UMR CBI 8231 dirigée par J. Bibette). Les thématiques actuelles concernent les sciences séparatives (chromatographies en phase liquide, gazeuse et supercritique, électrophorèse capillaire) avec notamment la mise en oeuvre de systèmes multidimensionnels pour l'analyse d'échantillons complexes ou la conception de nouvelles phases très sélectives pour l'analyse de traces (immobilisation d'anticorps et d'aptamères, synthèse de polymères à empreintes moléculaires). Pour augmenter la vitesse des séparations et diminuer la taille des échantillons, la miniaturisation des systèmes analytiques intégrés fait partie des axes de recherche prioritaires. Le candidat recruté devra s'insérer dans l'une de ces thématiques.
 
PROFIL DU CANDIDAT
 
Formation requise (ou diplôme) : Le(a) candidat(e) devra être un(e) chimiste ayant une bonne expérience théorique et pratique dans le domaine des sciences analytiques et devra être titulaire d'un doctorat (ou avec une date de thèse fixée et manuscrit rendu). Une expérience de l'enseignement sera un plus. A minima le(a) candidat(e) devra présenter un réel intérêt pour les activités d'enseignement.
 
MODALITÉS DE RECRUTEMENT
 
Catégorie : A
Filière : ENSEIGNEMENT
Statut : Recrutement selon les conditions statutaires, en CDD (temps plein) de droit public pour une durée d'un
an.
Poste à pourvoir à compter du 01 septembre 2020.
 
 
TRANSMISSION DES CANDIDATURES ET CONTACTS
 
 
DATE LIMITE DE DÉPÔT DES CANDIDATURES : 19 juin 2020
DATE DE RÉPONSE DONNÉE AUX CANDIDATS : 10juillet 2020
 
Les dossiers de candidatures doivent comprendre :
 
‐ Un Curriculum Vitae avec les coordonnées complètes du candidat
‐ Un résumé des activités scientifiques et d'enseignements avec les coordonnées de deux référents
‐ Une lettre de motivation
‐ La copie du diplôme de doctorat (dans le cas où la soutenance a déjà eu lieu)
 
Les dossiers doivent être adressés par courrier électronique en un seul document attaché, sous format PDF exclusivement, à l'adresse courriel : recrutement@espci.fr avec copie à
 
Directeur des Etudes : direction.etudes@espci.fr
Responsable enseignement : jose.dugay@espci.fr
Responsable recherche : valerie.pichon@espci.fr
 
ACCÈS
 
Métro ligne 7 (Place Monge/Censier Daubenton) ‐ RER B (Luxembourg) ‐ Bus 21, 27 & 47 ‐ 3 stations Vélib proches.

 

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Post-doc : Etude pour la stabilisation de matériaux dopés et application en conditions procédé pour la capture et l'enrichissement en gaz rares

Edité le 07/01/2020

Contexte :

Dans le cadre du Traité d'lnterdiction Complète des Essais nucléaires (TlCE), le CEA/DAM a en charge l'exploitation de dispositifs nommés SPALAX (Système de Prélèvement d'Air en Ligne avec l'Analyse des radioXénons atmosphérique) qui analysent automatiquement les isotopes radioactifs du xénon, produits lors d'activités nucléaires. Le procédé peut être divisé en plusieurs étapes. La première étape d'échantillonnage consiste en un prélèvement continu d'air et en un traitement au travers de membranes de perméation. Le gaz est ensuite envoyé vers l'étage de purification qui consiste en un jeu de colonnes de charbons actifs ayant pour objectif de concentrer le xénon et d'éliminer le radon. Le gaz purifié est concentré autant que possible en xénon sur des colonnes d'adsorbant (tamis moléculaires) avant la détection des radioXénons (Xe131m, Xe133, Xe133m et Xe135) par spectrométrie γ haute résolution.

Objectifs :

Dans l'optique de l'amélioration permanente du procédé de traitement des gaz rares, certaines zéolithes dopées à l'argent ont ainsi été identifiées, expérimentalement et à l'aide de la simulation Monte Carlo, comme étant de très bonnes candidates pour l'adsorption des gaz rares. Ces matériaux ont en revanche présenté certaines limitations en matière de stabilité, à haute température et sous l'effet de contaminants, notamment en raison de phénomènes de frittage des particules d'argent à la surface. D'autres matériaux pourraient s'avérer intéressants comme les zéolithes dopées avec le ruthénium soit pour l'adsorption directe du xénon, soit comme piège des contaminants. Afin de tester ces matériaux dans les conditions du procédé à l'échelle réelle, un pilote de laboratoire a été installé fin 2018. ll prévoit la mise en œuvre de plusieurs centaines de grammes des matériaux sélectionnés dans des colonnes installées dans un procédé de type TSA (Thermal Swing Adsorption) instrumenté et automatisé.

L'objectif du post-doctorat est de poursuivre les recherches fondamentales sur ces matériaux, à des fins d'amélioration des capacités de prélèvement des gaz rares mais surtout de stabilisation des matériaux sélectionnés, notamment par la mise en place de pièges de garde. En parallèle, le(a) post-doctorant(e) devra mettre en œuvre les matériaux déjà sélectionnés dans le pilote de laboratoire et définir les conditions idéales d'exploitation de ces matériaux (masse, débit, température, pression, etc…). Pour mener à bien ces travaux, le laboratoire et ses partenaires disposent d'un parc analytique complet (lsotherme d'adsorption, DRX, MEB, EXAFS, Chromatographie, Spectrométrie de masse, MET, ...) et d'outils de simulation (Monte Carlo, Dynamique Moléculaire, ...). Les résultats d'intérêt donneront lieux à des publications scientifiques dans des revues de rang A et/ou à des dépôts de brevet.

 

Contact :

TOPIN Sylvain

CEA/DIF - Bruyères-le-Châtel - F - 91297 Arpajon, France

Tel : 01 69 26 40 00 - sylvain.topin@cea.fr

 

 

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Emploi : Poste en CDI : Ingénieur Service-Après-Vente Elementar France

Edité le 16/12/2019
Elementar France, filiale du groupe Elementar, spécialisé dans la fabrication et la commercialisation d'instruments scientifiques de haut niveau, poursuit son fort développement en France en recrutant un(e)
 
Ingénieur Service-Après-Vente H/F, en CDI.
 
De formation supérieure (Bac + 2 à Bac + 8 selon le profil) dynamique, rigoureux, mobile, autonome et doté de capacités relationnelles, vous serez en charge du service après-vente de nos instruments. Une bonne connaissance technique de la spectrométrie de masse isotopique et de la chromatographie en phase gazeuse serait appréciée.
 
De nombreux déplacements sont à prévoir.
 
Elementar France met à votre disposition une voiture de fonction ainsi que tous les outils de communication nécessaires à l'exercice de vos fonctions
 
Type d'emploi : CDI, temps plein
 
Formation : Bac + 2 à Bac + 8 (requis)
 
Langue : Anglais (requis)
 
Lieu : France (Ville à discuter)
 
Contact : Charles Ojeimi (charles.ojeimi@elementar.com)
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Emploi : Poste d'interim de 11 mois - Sanofi-BDPD-Vitry, France

Edité le 22/11/2019
PhD formulation
Sanofi - BDPD - Vitry, France
 
Sanofi Vitry is looking for candidates for an interim position in Biologics Drug Product Development.
 
Position & Missions:
 
The position is responsible for working on all aspects of formulation development for biotherapeutics. He/She develops formulation with various protein scaffolds (ADC, fusion protein, bi-specific mAb…).
 
The position is responsible for hands on laboratory and bench work, as well as participating in interdisciplinary teams throughout the product development cycle. He/She is member of the project team as representative of the formulation development. This role will involve interaction within R&D and outside R&D to address product development needs and tailor formulations accordingly.
 
The position is able to design experiments to produce robust formulations compatible for various drug product presentations (vials, pre-filled syringes, auto injectors…) and acceptable for scale-up and industrialization. He/She will have to write and review technical documents to support product development, including protocols, reports, methods, SOPs and technical assessments.
 
The position works under moderate supervision and should understand and establish priorities on multiple tasks simultaneously.
 
Profil:
 
• PhD degree in Biology/Chemistry/Engineering/Pharmacy
• Experience with analysis of proteins by HPLC, SEC, SDS-Page, spectroscopy, sub-visible particle analysis, light scattering…
• Excellent technical writing skills (Development reports, experimental protocols notably)
• Ability to work effectively in an interdisciplinary team-based environment.
• Scientific background in amphiphilic polyelectrolytes in solutions and colloidal systems (applied to proteins from molecule to aggregate) is a plus.
• Working experience with development of injectable solutions and lyophilized injectable biological products (mAb, ADC, fusion proteins…) would be appreciated.
 
The position will open in January/February 2020 and last 11 months. Candidates may send their CV to marie.leman@sanofi.com.
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Stage : INFLUENCE DE LA SPECIATION MINERALOGIQUE DE POLLUANTS METALLIQUES SUR LEUR SIGNATURE EN IMAGERIE HYPERSPECTRALE

Edité le 18/10/2019
INFLUENCE DE LA SPECIATION MINERALOGIQUE DE POLLUANTS METALLIQUES SUR LEUR SIGNATURE EN IMAGERIE HYPERSPECTRALE
 
 
Financeur :
Start-up TELLUX (31 av. Jacques Cartier, 76100 Rouen).
 
Laboratoires universitaires porteurs :
Laboratoire de chimie organique Bioorganique Réactivité et Analyse COBRA (UMR CNRS 6014, Université de Rouen-Normandie)
Laboratoire M2C (UMR CNRS 6143, Université de Rouen-Normandie)
 
Responsables du projet :
Antonin Van Exem, docteur, TELLUX, antonin.van-exem@univ-rouen.fr
Mélanie Mignot, MCF, COBRA UMR 6014, melanie.mignot@insa-rouen.fr
(Co-encadrements : F. Koltalo, MCF HDR, COBRA UMR 6014 et M. Debret, MCF, M2C UMR 6143)
 
Contexte et objet du stage :
L'imagerie hyperspectrale a un potentiel encore peu exploré pour établir très rapidement une cartographie non destructive de certains composés cibles (polluants métalliques) dans différents types de matrices environnementales (sols, sédiments) avec une grande résolution spatiale, par pixels de l'ordre de 50x50 μm et par pas d'environ 10 nm. Elle consiste à mesurer la réflectance du matériau contenant les composés cibles en fonction de la longueur d'onde émise dans le domaine du visible et du proche infra-rouge (NIR). La réflectance est ensuite captée par une caméra hyperspectrale qui peut donner une image en trois dimensions, par superposition des spectres. L'objectif est alors de reconnaitre la signature spectrale des contaminants ciblés, tout en éliminant les effets de matrice (granulométrie, teneur en eau, en matière organique, en argile…).
L'objectif de ce stage est plus particulièrement de déterminer la signature hyperspectrale de métaux ou métalloïdes (Pb, Cd, As…) présents dans des sols ou des sédiments en fonction de leur spéciation minéralogique. En effet, il s'agit de montrer quelle serait la spécificité du signal si le métal est libre, complexé à des carbonates, sous forme oxydée ou réduite, ou incorporé dans les réseaux cristallins… Des extractions séquentielles seront donc optimisées et menées, suivies d'analyses quantitatives des extraits en ICP-AES, couplées aux analyses du matériau solide par caméra hyperspectrale ou par sonde optique dans le NIR.
Par ailleurs, une étude sera menée sur l'influence de la nature et la quantité des argiles sur la signature hyperspectrale des oxydes de fer ou d'aluminium et leur possible interférence sur le signal des polluants métalliques ciblés.
 
Localisation :
Le stage se déroulera principalement au sein du laboratoire COBRA sur le site de l'INSA au Madrillet (76800 St Etienne du Rouvray) et en partie au laboratoire M2C (Université de Rouen, 76130 Mont St Aignan)
 
Adresser un CV et une lettre de motivation à : melanie.mignot@insa-rouen.fr et antonin.van-exem@univ-rouen.fr
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These : Développements de méthodes de quantification de biomarqueurs diagnostic du sepsis par spectrométrie de masse. Application à l'analyse d'une cohorte.

Edité le 05/07/2019

Dans le cadre d'un projet européen de métrologie sur le sepsis, le LNE (Laboratoire National de Métrologie et d'Essais, Paris XV) et le CEA/LEMM (Laboratoire d'Etudes du Métabolisme des Médicaments, CEA, Paris-Saclay) recherche une candidate ou un candidat afin de constituer un dossier de demande de financement CIFRE auprès de l'ANRT pour le sujet de thèse suivant :

 

Développements de méthodes de quantification de biomarqueurs diagnostic du sepsis par spectrométrie de masse. Application à l'analyse d'une cohorte.

 

Le sepsis est un dysfonctionnement d'organes résultant d'une réponse dérégulée de l'hôte à une infection et menaçant le pronostic vital. En 2017, l'Assemblée mondiale de la Santé et l'Organisation mondiale de la Santé ont fait du sepsis une priorité mondiale en matière de santé en adoptant une résolution visant à améliorer la prévention, le diagnostic et la prise en charge du sepsis.

Parmi les biomarqueurs protéiques les plus utilisés en routine pour le diagnostic du sepsis, la procalcitonine (PCT) a montré son aptitude pour un diagnostic précoce de la maladie et un suivi de son évolution. La PCT présente également l'avantage de discriminer l'origine infectieuse d'une pathologie d'une cause virale ou non-infectieuse. Il apparait donc crucial d'avoir des mesures fiables de la concentration de PCT pour l'identification précise des infections chez les patients se présentant au service des urgences et ainsi permettre de mettre en place rapidement un traitement et un suivi de l'évolution de la pathologie adaptés. Le LNE a initié au cours d'un projet précédent le développement d'une méthode de référence d'ordre supérieur pour la quantification de PCT basée sur la spectrométrie de masse. Au cours de ce projet de thèse, le premier objectif est d'améliorer les performances de la méthode en termes de sensibilité et de robustesse. D'autre part, une méthode multiplexe de quantification couvrant plusieurs biomarqueurs du sepsis permettrait d'améliorer la fiabilité et la spécificité du diagnostic du sepsis, et ainsi de réduire le temps de prise en charge des patients et d'initier plus rapidement le traitement adapté. Le LEMM travaille depuis de nombreuses années sur le développement de méthodes multiplexes de quantification de biomarqueurs d'intérêt clinique par spectrométrie de masse. Le second objectif de ce projet de sera le développement d'une méthode d'analyse par spectrométrie de masse permettant la quantification simultanée d'un panel de biomarqueurs ainsi que la production et la caractérisation d'étalons primaires utilisés pour l'étalonnage de cette méthode. L'ensemble de ces travaux sera réalisé en collaboration avec les instituts nationaux de métrologie et des centres hospitaliers partenaires du projet.

 

Le profil recherché pour la candidate ou le candidat est un niveau master ou ingénieur en bioanalyse, (bio)chimie analytique ou dans un domaine connexe. Des connaissances en spectrométrie de masse bio-organique appliquées à l'analyse de biomolécules sont nécessaires, ainsi qu'une bonne connaissance des techniques de préparation d'échantillons biologiques. Une expérience pratique de l'analyse de protéines par Orbitrap de type Q-Exactive constituerait un avantage. La maîtrise de l'anglais est impérative. Capacités rédactionnelles, autonomie, rigueur, goût pour le travail en équipe et intérêt pour les approches pluridisciplinaires sont des qualités essentielles pour le poste.

 

Merci d'envoyer une lettre de motivation et CV complet (incluant, si existant, une liste des publications et au minimum une référence) en un seul fichier PDF à Amandine Boeuf (amandine.boeuf@lne.fr).

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These : Impact de l'eau sur les émissions de COV dans les procédés thermo-mécano-chimiques associés à la mise en oeuvre de biomatériaux

Edité le 11/06/2019
Financement : MESR dans l'équipe GADEA (en interaction avec l'équipe FAPTA)
 
Mots clés : COV, odeurs, biomatériaux, interface, chimie analytique, chimiométrie
 
Contexte :
 
Les procédés industriels de transformation des grandes productions végétales génèrent des quantités importantes de sous-produits qui peuvent très souvent trouver une valorisation en tant que sources de molécules à valeur ajoutée ou dans le domaine des matériaux. De plus, les politiques actuelles en matière de développement durable se basent sur trois grands principes : le respect de l'environnement et des hommes, la réduction des déchets et des matières polluantes et le remplacement partiel ou total des dérivés pétrochimiques par des ressources renouvelables. La valorisation de la biomasse est portée par deux défis majeurs : (i) l'industrie des matières plastiques doit faire face à une diminution des ressources pétrolières et à une prise de conscience des populations de l'impact des matériaux plastiques sur l'environnement, (ii) les déchets provenant de l'agriculture représentent la plus grande part des déchets produits en France. Une partie de ces déchets est valorisée comme source d'énergie pour l'exploitation agricole, dans l'alimentation animale ou dans la fabrication de papier et de panneaux de particules. Dans ce contexte, les matériaux issus de la biomasse, ont non seulement l'avantage d'offrir un nouveau débouché pour l'agriculture dans la gestion de ses coproduits mais présentent aussi de nombreux autres atouts : utilisation de ressources renouvelables, diminution des rejets de gaz carbonique, le plus souvent biodégradables et/ou compostables, image positive de matériaux biosourcés dans l'opinion publique.
Les matériaux ainsi élaborés doivent non seulement présenter des propriétés mécaniques comparables à celles des matériaux pétrochimiques mais également une innocuité vis-à-vis des utilisateurs.
 
Sujet de thèse :
 
L'objectif de la thèse est d'étudier l'impact des conditions de mise en forme d'un biomatériau modèle d'une part sur la libération des COV/odeurs lors de l'assemblage des différents constituants et d'autre part sur les émissions du matériau lui-même. Les émissions liées aux transformations conduisant notamment à la déstructuration des agrégats moléculaires (déstructuration des corpuscules protéiques, …) et à leur changement d'état (transition vitreuse et fusion, recristallisation) seront mises en relation avec la nature des liaisons et des interactions chimiques formées lors de la mise en forme des agromatériaux.
L'impact de l'eau sur ces émissions sera particulièrement étudié. Le procédé de fabrication envisagé dans un premier temps est le thermopressage. La bagasse de canne à sucre ainsi qu'un bois de feuillu constitueront les matières premières étudiées. Après une caractérisation des matières premières initialement choisies, des plans d'expériences seront mis en oeuvre afin d'évaluer la libération des COV dans des formulations en différentes teneurs relatives (matières premières/eau/additifs) pour différentes conditions notamment de température et de pression. D'autres paramètres seront également investigués.
Les résultats permettront ainsi de comprendre les phénomènes mis en jeu et en particulier le rôle de l'eau dans les mécanismes de formation et de transport des COV au sein de la matrice et aux interfaces eau/matrice/air. Un modèle prédictif des émissions de COV pourra alors être proposé. Divers outils analytiques pourront être utilisés dans le cadre de la thèse pour l'analyse des différentes molécules d'intérêt de la matrice végétale initiale, transformée et aux interfaces, en particulier les couplages CPG-SM/DIF/Olfactométrie, CLHP-UV/SMn, Py-CPG-SM2, ATG-FTIR, ATG-SM et DVS.
Le doctorant devra par ailleurs développer des outils relevant du génie analytique pour notamment adapter l'échantillonnage au procédé de mise en oeuvre du biomatériau.
 
Profil candidat :
 
Formation ingénieur et/ou master 2 dans le domaine de la chimie analytique. Des compétences en chimie des matériaux et chimiométrie seront appréciées.
 
Contact :
 
Christine Raynaud, Valérie Simon
christine.raynaud@ensiacet.fr, valerie.simon@ensiacet.fr
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