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Stage : Stage de M2 à l'Institut galien Paris sud

Edité le 26/10/2016

L'équipe "Proteins and Nanotechnology in Analytical Science" de l'Institut Galien (UMR CNRS 8612) propose un sujet de master 2 intitulé:

"Exploration de l'albuminome pour le diagnostic de la maladie d'Alzheimer."

Début du stage: JANVIER 2017 pour 5 mois minimum

Lieu du stage: 5 rue JB Clément 92260 Châtenay-Malabry 

Site web du laboratoire: http://www.umr-cnrs8612.u-psud.fr/pres_eq4.php

 

Sujet du stage:

La maladie d'Alzheimer (MA) est un trouble neurodégénératif caractérisé par un déclin progressif mais sévère des fonctions cognitives et l'apparition de troubles du langage. Les peptides β amyloides (Aβ 1-40, 1-42), les protéines tau et tau phosphorylée sont classiquement quantifiés dans le liquide céphalorachidien (LCR) comme biomarqueurs de la progression de la MAi. Les tests cognitifs, l'imagerie et parfois les immuno-essais sont utilisées dans un contexte cliniqueii. Cependant, le manque d'harmonisation des techniques immunoessais entraine une forte variabilité des concentrations mesurées d'un laboratoire à l'autre, ce qui empêche la comparaison des résultats et ne permet pas de définir des valeurs seuils de concentrations. Pour prélever des échantillons du LCR, il faut une méthode invasive qui ne se pratique que dans un laboratoire ou hôpital bien équipé avec un environnement d'experts, ce qui rend cette opération peu triviale. En outre, l'utilisation des biomarqueurs conventionnels mentionnés ci-dessus n'est pas suffisant pour distinguer la MA des autres maladies neurodégénératives avec une sélectivité élevée. Pour toutes ces raisons, un test diagnostique de la MA basé sur l'identification de biomarqueurs plasmatiques permettrait d'améliorer grandement le diagnostic
de la MA.
Ce projet explore une nouvelle catégorie de biomarqueurs souvent ignorée en raison de leur nature « cachée ». En effet, l'albumine, protéine plasmatique majoritaire, a la capacité de lier avec une affinité élevée et de transporter une large gamme de molécules (métabolites, protéines…)iii. Dans ce projet, l'albumine est utilisée comme un « aimant » afin de capter et améliorer la détectabilité de biomarqueurs potentiels, en les protégeant également de la clairance rénale. Ainsi, cette fraction enrichie pourrait être exploitée comme une source pertinente de nouveaux biomarqueurs de la MA de hautes spécificité et sensibilité.
L'objectif principal de ce projet est de proposer une stratégie innovante et sensible basée sur l'analyse du subprotéome de l'albumine (peptides tronqués ou non et liés à l'HSA) pour permettre l'identification et la quantification de biomarqueurs plasmatiques de la MA, pour mieux diagnostiquer cette maladie. Les traitements des échantillons plasmatiques provenant de sujets sains et AD pour isoler le sub-protéome de l'albumine seront optimisés. La fraction contenant les peptides Aβ sera analysée et quantifiée par électrophorèse capillaire couplée à la spectrométrie de masse (EC-ESI/QTOF/SM). Les conditions EC (tampons, traitement de surface du capillaire) et SM (liquide additionnel, paramètres de source ESI) seront étudiées afin d'obtenir les sélectivité et sensibilité les plus élevées. Des traitements mathématiques seront utilisés pour normaliser les profiles EC-SM des groupes MA et contrôle.
Techniques/méthodes utilisées :
- Traitement de l'échantillon : déplétion de l'albumine du plasma par précipitation ou immunoaffinité, coupure des liaisons protéines- ou peptides-albumine, immunocapture.
- Electrophorèse capillaire couplée à la spectrométrie de masse QTOF via une interface électrospray 

Résultats attendus :
Les différences entre les 2 groupes MA et contrôle seront vérifiées par des tests statistiques sur une petite
cohorte de 10 patients par groupe.

 

Personne à contacter: 

Dr Thuy Tran
Tél :01 46 83 59 03
E-mail :  thuy.tran-maignan@u-psud.fr

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Emploi : SFC-MS / TOTAL CRES and ESPCI (Paris)/ CDD 18 Months

Edité le 02/05/2016

Description

The aim of this project is to evaluate the coupling of supercritical fluid chromatography with high resolution mass spectrometry and detector CORONA.

Today, a lot of additive compounds are added in petroleum products to improve their final performance properties. Enhanced separation power is necessary for identification and quantification proposes. In this project, identification low quantity additives in complex petroleum matrix will be investigated using online coupling of supercritical fluid chromatography with mass spectrometry. In a second step, Corona detection will be investigated in order to quantify the identified additives.  

Profile

PhD degree in analytical chemistry with a first relevant experience in separation science and mass spectrometry (MS).

The knowledge of petroleum products is a plus.

Skills

- Separation science (theory and practical knowledge in SFC would be essential, experiences in liquid or gas chromatography could be equally important)

- High resolution mass spectrometry (TOF, IM-MS)

- Ability to synthesize

- Well organized / Autonomy

- Good oral and written communication skills

- Fluent English

Scientific persons in charge

Didier Thiébaut, Directeur de Recherche au CNRS 

UMR CNRS - ESPCI ParisTech 8231 Chimie Biologie Innovation
Laboratoire Sciences Analytiques, Bioanalytiques et Miniaturisation 
ESPCI-LSABM 
10 Rue Vauquelin
75231 Paris cedex 05, France
Tel : 01 40 79 46 48 / didier.thiebaut@espci.fr

This work will be also followed by an engineer of Total.

TOTAL Marketing and Services

Contact : 

Yang Bai

Tel : +(33) 4 78 02 63 33 / yang.bai@total.com

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These : Nouveaux greffages de capillaires pour l'analyse biopharmaceutique par CE et CE/MS

Edité le 19/04/2016

Directeurs de thèse :

Prof. Hervé Cottet / Dr. Laurent Leclercq

Institut des Biomolécules Max Mousseron, UMR 5247 CNRS, Université de Montpellier, Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier, France

Envoyer un CV, une lettre de motivation et les lettre(s) de recommandation à:

herve.cottet@umontpellier.fr / laurent.leclercq@umontpellier.fr

Tel: +33 467143427 / +33 467143920

 

Description du projet :

 

La séparation et la caractérisation des protéines restent un défi analytique en analyse protéomique. Le couplage électrophorèse capillaire - spectrométrie de masse (CE-MS) est l'une des techniques adaptées à la séparation de macromolécules biologiques chargées et des protéines intactes [1-2], avec un grand nombre d'applications biopharmaceutiques [3]. La CE est notamment utilisée pour le contrôle de la pureté des protéines thérapeutiques (hétérogénéité de charge des anticorps monoclonaux) et pour la séparation d'isoformes dans les phases de développement, de formulation, d'étude de stabilité et de contrôle de la production [3]. Pour ces applications, le revêtement de la paroi interne du capillaire joue un rôle crucial afin d'obtenir des séparations efficaces (pics fins) et reproductibles [4] en évitant tout phénomène d'adsorption à la surface du capillaire. Parmi les différentes approches retenues pour prévenir de telles interactions, les systèmes multicouches de polyélectrolytes ont été introduits en 1998 [5] et développés par la suite pour des séparations notamment en milieu acide [6-7]. Néanmoins, des améliorations significatives sont possibles si l'on compare les efficacités de séparation obtenues expérimentalement à la valeur maximale théorique dans le cas d'un élargissement des pics contrôlée par la diffusion axiale.

Le but de ce projet consiste à optimiser des greffages de capillaire à base de polyélectrolytes et/ou de polyzwitterions pour la séparation par CE et CE-MS de protéines et d'anticorps monoclonaux. Cinq principaux concepts seront développés et optimisés : (i) modulation de l'écoulement électroosmotique en fonction de la nature des polyélectrolytes formant le système multicouches dans le but de proposer des solutions robustes offrant différents compromis entre la résolution des séparations et le temps d'analyse en conditions de séparation acide ou neutre/basique; (ii) étude de l'influence de la force ionique du tampon de construction des multicouches sur les performances séparatives des meilleurs couples de polyélectrolytes étudiés; (iii) nouveaux greffages par dépôt de complexes de polyélectrolytes préparés hors du capillaire en remplacement des systèmes multicouches préparés in situ dans le capillaire ; (iv) application à la caractérisation d'anticorps monoclonaux, notamment à visée oncologique, dans un tampon acide -aminocaproïque à pH 4.5, pour le contrôle de leur pureté et le suivi de leur agrégation par CE et analyse de la dispersion de Taylor [8]; (v) applications des meilleurs revêtements à l‘analyse par CE-MS de protéines et d'anticorps monoclonaux intacts et réduits. Ce dernier point sera développé et réalisé en collaboration avec le Prof. Christian Neusuess à la Faculté de Chimie de Aalen (Allemagne) lors d'un séjour de 4 mois sur la durée de la thèse.

Références bibliographiques:

[1] CE-MS for the analysis of intact proteins 2010-2012. R.  Haselberg, G. J. de Jong, G. W. Somsen. Electrophoresis 2013, 34(1):99-112.

[2] High resolution TOF MS coupled to CE for the analysis of isotopically resolved intact proteins, A. Taichrib, M. Pelzing, C. Pellegrino, M. Rossi, C. Neusüß. J. Proteomics 2011, 74, 958-966.

[3] Intact protein analysis in the biopharmaceutical field. A. Staub, D. Guillarme,  J. Pharm Biomed. Anal., 2011, 55, 810-822.

[4] Relevance and use of capillary coatings in capillary electrophoresis–mass spectrometry. C. Huhn, R. Ramautar, M. Wuhrer, G. W. Somsen.  Anal. Bioanal. Chem. 2010, 396, 297-314.

[5] Stable Capillary Coating with Successive Multiple Ionic Polymer Layers. H. Katayama, Y. Ishihama, N. Asakawa. Anal. Chem., 1998, 70, 2254-2260.

[6] Stability of capillaries coated with highly charged polyelectrolyte monolayers and multilayers under various analytical conditions – Application to protein analysis. R. Nehmé, C. Perrin, H. Cottet, M.-D. Blanchin, H. Fabre. J. Chromatogr. A, 2011, 1218, 3537-3544.

[7] Polyelectrolyte multilayer coatings for the separation of proteins by capillary electrophoresis: influence of polyelectrolyte nature and multilayer crosslinking. S. Bekri, L. Leclercq, H. Cottet, J. Chromatogr. A., 2015, 1399, 80-87.

[8] Monitoring biopolymer degradation by Taylor dispersion analysis. J. Chamieh, J.-P. Biron, L; Cipelletti, H. Cottet, Biomacromolecules, 2015, 16, 3945-3951.

 

Title of the PhD project: New capillary coatings for biopharmaceutical CE and CE-MS applications

 

PhD supervisors:

Prof. Hervé Cottet / Dr. Laurent Leclercq

Institut des Biomolécules Max Mousseron, UMR 5247 CNRS, Université de Montpellier, Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier, France

Send a CV, a motivation letter and recommendation letter(s) to:

herve.cottet@umontpellier.fr / laurent.leclercq@umontpellier.fr

Phone numbers: +33 467143427 / +33 467143920

 

Project description:

The separation and characterization of proteins remain an analytical challenge in proteomics. The coupling between capillary electrophoresis and mass spectrometry (CE-MS) is well suited to the separation of charged biological macromolecules and intact proteins [1-2], with a strong focus on biopharmaceutical applications [3]. CE is notably used for the quality control of therapeutic proteins (charge heterogeneity of monoclonal antibodies) and for the separation of isoforms at the different stages of development, formulation, stability study and production control of biopharmaceutics. For these applications the capillary coating plays a crucial role to get efficient and reproducible separations [4], avoiding any protein adsorption phenomenon onto the capillary surface. Among the different possible approaches to avoid such undesirable interactions, polyelectrolyte multilayers have been introduced in 1998 [5] and further developed, notably for separations in acidic conditions [6-7]. Nevertheless, significant improvements are still possible if one compares the separation efficiencies obtained experimentally to the maximum theoretical value corresponding to the case of peak broadening controlled by axial diffusion.

 

The aim of this project is to optimize capillary coatings based on polyelectrolytes and/or polyzwitterions for the CE and CE/MS separations of proteins and monoclonal antibodies. Five main concepts will be developed and optimized: (i) modulation of the electroosmotic flow by changing the nature of the polyelectrolytes contained in the multilayer system to propose robust solutions offering different compromises between resolution of the separation and analysis time in acidic or basic/neutral conditions of separation; (ii) influence of the ionic strength of the multilayer construction buffer on the separation performances for the best experimented polyelectrolyte couples; (iii) new coatings based on the deposition of polyelectrolyte complexes prepared outside the capillary instead of multilayer coatings prepared in-situ in the capillary; (iv) application to the characterization of monoclonal antibodies used in oncology using a-aminocaproic acid buffer at pH 4.5 for the purity control and the monitoring of their aggregation by CE and Taylor dispersion analysis [8]; (v) application of the best coatings to the CE-MS analysis of proteins and intact or reduced monoclonal antibodies. This last study will be developed and performed in collaboration with Prof. Christian Neusuess at the Faculty of Chemistry in Aalen (Germany), on a basis of a 4 months stay in his lab. during the thesis.

 

Bibliographical references:

[1] CE-MS for the analysis of intact proteins 2010-2012. R.  Haselberg, G. J. de Jong, G. W. Somsen. Electrophoresis 2013, 34(1):99-112.

[2] High resolution TOF MS coupled to CE for the analysis of isotopically resolved intact proteins, A. Taichrib, M. Pelzing, C. Pellegrino, M. Rossi, C. Neusüß. J. Proteomics 2011, 74, 958-966.

[3] Intact protein analysis in the biopharmaceutical field. A. Staub, D. Guillarme,  J. Pharm Biomed. Anal., 2011, 55, 810-822.

[4] Relevance and use of capillary coatings in capillary electrophoresis–mass spectrometry. C. Huhn, R. Ramautar, M. Wuhrer, G. W. Somsen.  Anal. Bioanal. Chem. 2010, 396, 297-314.

[5] Stable Capillary Coating with Successive Multiple Ionic Polymer Layers. H. Katayama, Y. Ishihama, N. Asakawa. Anal. Chem., 1998, 70, 2254-2260.

[6] Stability of capillaries coated with highly charged polyelectrolyte monolayers and multilayers under various analytical conditions – Application to protein analysis. R. Nehmé, C. Perrin, H. Cottet, M.-D. Blanchin, H. Fabre. J. Chromatogr. A, 2011, 1218, 3537-3544.

[7] Polyelectrolyte multilayer coatings for the separation of proteins by capillary electrophoresis: influence of polyelectrolyte nature and multilayer crosslinking. S. Bekri, L. Leclercq, H. Cottet, J. Chromatogr. A., 2015, 1399, 80-87.

[8] Monitoring biopolymer degradation by Taylor dispersion analysis. J. Chamieh, J.-P. Biron, L; Cipelletti, H. Cottet, Biomacromolecules, 2015, 16, 3945-3951.

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Emploi : Gas-chromatography specialist for Certech Analytical Department (Gas Chromatography-Mass Spectrometry)

Edité le 11/04/2016

Gas-chromatography specialist for Certech Analytical Department (Gas Chromatography-Mass Spectrometry) Référence:  JO-001

Description :    You will be in charge of the development, qualification, validation and implementation of analytical methods and instruments in support of R&D projects and customers inquiries.

Job responsibilities

• Develops efficient, automated and selective analytical procedures (with emphasis on GC, GC-MS and related techniques)

• Prepares qualification and validation methods and reports for analytical procedures and instrumentation (in the framework of ISO 17025 accreditation)

• Performs technology watch of the analytical instrument market and identify the need for new equipment introduction

• Manages customers studies and projects, interprets data and writes reports

• Supervises a team of analytical chemists

Essential skills and experience

· PhD in analytical organic chemistry (or equivalent by experience)

· 5 to 10 years experience in a similar function in an industrial environment

· Knowledgeable in ISO 9001 and ISO 17025 quality management systems

· Ability to write clear and concise technical reports

· Good verbal and written communication skills

· Ability to take initiatives and to act as a team player

· Structured and organised

· Demonstrates planning and execution skills

· Passionate about technological development and innovation

· Fluent in French and English, knowledge of another European language is an asset

Application to be sent to: thierry.randoux@certech.be with mention to the job offer reference JO-001

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Stage : Stage de master 2 à l'ICOA

Edité le 19/02/2016

Le projet de stage de M2 portera sur la Valorisation de la flore Scandinave : Caractérisation phytochimique d'extraits de plantes finlandaises par chromatographie sur couche mince

Lieu du stage: ICOA à Orléans

Personnes à contacter: transmettre un CV, une lettre de motivation, par e-mail au Dr. Da SILVA

M. DA SILVA David, MCF
Mme FOUGERE Laëtitia, IE

Attention: date limite de candidature :  31 janvier 2017

Le projet de valorisation de la flore Finlandaise est une collaboration entre une unité de recherche académique l'ICOA et la société The Innovation Company® située dans le bassin de la « Cosmetic Valley » et dont l'expertise porte sur le développement, la fabrication et la commercialisation d'une gamme étendue et fonctionnelle de matières premières innovantes pour la cosmétique.

Ce projet aura pour objectif la caractérisation d'une dizaine d'extraits de plantes finlandaises (métabolites primaires et secondaires) fournis par la société The Innovation Company®. Pour ce faire, l'évaluation de la richesse de ces différents extraits (en polyphénols, terpènes, sucres, lipides etc..) sera réalisée par chromatographie sur couche mince haute performance (en phase normale ou inverse) à l'aide des derniers outils de pointe Camag. La révélation spécifique de chaque famille sera réalisée après une étape de dérivation chimique et une visualisation des empreintes phytochimiques à la lumière blanche ou dans l'ultra-violet (TLC visualizer 2, Camag). Parallèlement à cette étape de caractérisation, une analyse différentielle (qualitative et/ou quantitative) des différents extraits pourra être réalisée afin d'identifier des molécules d'intérêt pour les applications innovantes de l'entreprise The Innovation Company®.

Profil du candidat:

Le ou la candidate devra avoir de solides connaissances théoriques en chimie analytique.
Il ou elle devra faire preuve de compétences en chimie analytique (utilisation de méthode chromatographique) afin d'établir une caractérisation moléculaire des différents extraits de plantes. Des connaissances en phytochimie et pharmacognosie seront un plus.
Il ou elle devra faire preuve de curiosité et montrer de réelles capacités d'organisation de travail au sein d'un environnement de recherche.

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Post-doc : Offre de post doc à Orléans: Développement d'actif naturel

Edité le 01/09/2015

L'Institut de Chimie Organique et Analytique (ICOA) UMR 7311 de l'Université d'Orléans recherche 1 post-doctorant(e) pour travailler sur des projets financés par l'ARD 2020 Cosmétosciences.

Projet collaboratif : ICOA et société Livenat

Démarrage du contrat: octobre-novembre 2015

Mot clés: Chimie analytique, phytochimie,

Contexte du projet:

L'objectif de ce projet consistera à développer des actifs naturels entrant dans la composition de produits répulsifs anti-poux et anti-moustiques. Ce projet sera réalisé en collaboration avec la société LIVENAT spécialisés dans la formulation d'actifs cosmétiques et les laboratoires d'Immunologie parasitaire et l'IRBI de l'université de Tours.

Les plantes d'intérêt sont sélectionnées par la société Livenat sur des critères d'usages traditionnels. Les extraits compatibles avec les exigences cosmétiques seront développés et caractérisés par HPLC-MS pour les composés non-volatils et par GC-MS pour les composés volatils à l'ICOA. L'activité des extraits sera évaluée sur des élevages de poux et de moustiques à l'université de Tours. En fonction des résultats d'activité les extraits seront fractionnés par Chromatographie de Partage Centrifuge jusqu'à isoler et identifier les molécules responsables de ces activités.

Profil du candidat:

Chimiste ou biochimiste ayant des compétences en méthodes séparatives couplées à la spectrométrie de masse pour l'analyse des substances naturelles.

Personne à contacter: Emilie Destandau:  emilie.destandau@univ-orleans.fr

 

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