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Offre de thèse ISA Lyon

Offre de thèse: Miniaturized affinity chromatography coupled to mass spectrometry for the rapid deciphering of dynamic combinatorial mixtures for the…

Offre de thèse: Miniaturized affinity chromatography coupled to mass spectrometry for the rapid deciphering of dynamic combinatorial mixtures for the identification of therapeutic multivalent lectin ligands.

Context: Bacterial infections remain the most eminent public health challenge of the 21st century. The primary step leading to infection is bacterial adhesion to the surface of host epithelial cells, through protein-oligosaccharides interactions. Bacterial flagellins and lectins, also called adhesins, are among the most important bacterial proteins involved in these early events of adhesion. As we approach the limits of the antibiotic era (therapeutic failures due to antimicrobial resistance), novel targets for alternative anti-infective strategies are highly desirable and anti-adhesion therapies of bacterial diseases are very promising.The design of anti-adhesive glycoconjugates blocking adhesion provides innovative routes to anti-infectious therapeutic therapies. While an adhesin-carbohydrate interaction involving a single valence is typically in the mM to μM range, multivalent glycoconjugates (e.g. glycoclusters, glycodendrimers, glycopolymers) with high affinity (up to nM) have already found biomedical application [1]. Dynamic Combinatorial Chemistry (DCC) has already proven to be a valuable alternative approach to synthesize such multivalent glycoconjugates through the formation of a dynamic combinatorial library (DCL) of all possible glycoclusters (in equilibrium) obtained from reversible covalent bonds (disulfide bonds). However, the complexity of such DCL requires powerful analytical methods to decipher the information from the DCL mixture and to identify the best ligands for a specific adhesin. Project: To make the most of dynamic combinatorial chemistry, we will develop a powerful analytical method for the amplification/selection and identification of the best hits in a DCL mixture while reducing reagent consumption. Miniaturized affinity chromatography in-line coupled with mass spectrometry (mAC-MS) will be at the heart of the analytical strategy (i) to amplify, (ii) to simplify DCL mixtures by selecting the best binding glycoclusters, (iii) to facilitate their identification by MS and (iv) to eliminate the re-equilibration of DCL mixtures. The DCL mixture will be deciphered on a miniaturized affinity column on which an adhesin is immobilized (home-made prepared columns). The specific interaction of a glycocluster for the adhesin induces retention times proportional to the affinity (Ka). The glycoclusters, eluted in ascending order of affinity, will be detected and identified by mass spectrometry coupled on-line to the column. The originality lies in the use of a mixture of glycoclusters obtained by dynamic combinatorial chemistry (DCC) and the miniaturization of the entire workflow, which allows a drastic reduction in protein consumption (in the μg range) i.e. the targeting of proteins available in scarce amount. We recently reported a proof-of-concept of the application of mAC-MS for the identification of glycoclusters (using Concanavalin A as an adhesin model) in a DCL of equilibrating 1,4-dithiophenols [2]. This work will be carried out in collaboration with other team specialized in the design of multivalent glycoconjugates by DCC as ligands of lectins (ICSN/ Paris Saclay). [1] Cecioni, S. et al. Chem. Rev. 2015, 115 (1), 525–561. https://doi.org/10.1021/cr500303t. [2] Jeanroy, F. et al. Anal. Chim. Acta 2023, 1261, 341227. https://doi.org/10.1016/j.aca.2023.341227. Contact : Vincent Dugas : vincent.dugas@univ-lyon1.fr

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Ministère des Armées / DGA / Technicien ou ingénieur spécialiste en traitement d’échantillons pour analyses chimiques

Offre d'emploi au Ministère des armées: Technicien(ne) ou ingénieur(e) spécialiste en traitement d'échantillons pour analyses chimiques (H/F) Cf. PDF Type…

Offre d'emploi au Ministère des armées: Technicien(ne) ou ingénieur(e) spécialiste en traitement d'échantillons pour analyses chimiques (H/F)

Cf. PDF Type de poste : CDI Lieu du poste : Vert-le-Petit - 91710 Contact : dga-mnrbc.accueil.fct@intradef.gouv.fr

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Offre de thèse Université Paris-Saclay / Equipe CAPRI

Offre de thèse: Recherche de peptides biomarqueurs de l’arthrose dans le liquide synovial L’arthrose est une maladie articulaire dégénérative répandue,…

Offre de thèse: Recherche de peptides biomarqueurs de l’arthrose dans le liquide synovial

L’arthrose est une maladie articulaire dégénérative répandue, affectant 10-20 % de la population de plus de 50 ans. Elle est caractérisée par une altération de la structure entière de l’articulation, comprenant entre autres une dégradation progressive du cartilage ainsi qu’une inflammation de la membrane synoviale (Eveque-Mourroux et al. 2020). A ce jour, il n’existe pas de traitement de l’arthrose si ce n’est le recours aux analgésiques. Afin de pouvoir mieux comprendre la physiopathologie de cette maladie et de proposer une thérapie, il est primordial de rechercher des biomarqueurs adéquats permettant son diagnostic précoce ainsi qu’un suivi de sa progression avec le temps. L’intérêt est porté sur le liquide synovial, comme étant le compartiment où de tels biomarqueurs sont potentiellement présents (Kamphorst et al. 2007), puisque site des changements pathologiques dans les articulations. Dans le processus de l’arthrose, le collagène de type II, quasi-spécifique au cartilage, est dégradé, en particulier, en peptide « coll2-1 » de séquence HRGYPGLDG (Billinghurst, et al. 1997), identifiée empiriquement et reconnue par un anticorps spécifique. Ce peptide joue un rôle important dans le suivi de la dégradation du cartilage (Henrotin et al. 2007). En effet, des teneurs élevées en coll2-1 ont été retrouvées dans le sérum de patients humains atteints d’arthrose ainsi que dans les phases précoces de l’arthrose des cochons d’Inde développant spontanément cette maladie (Lambert et al. 2019). Une étude in-vivo originale a mis en évidence le rôle du coll2-1 à induire une inflammation synoviale chez les rats, renforçant son implication dans la physiopathologie de l’arthrose et ainsi son rôle potentiel comme biomarqueur de cette maladie dégénérative (Lambert et al. 2019). De plus, la recherche du coll2-1 mais aussi des formes de coll2-1 ayant subi des modifications post-traductionnelles (PTM) revêt une importance majeure. En exemple, le ratio du coll2-1 et de sa forme nitrée (coll2-1 NO2) se révèle être plus élevé chez les patients atteints d’arthrose des mains que chez les témoins (Punzi et al. 2012), et montre ainsi l’impact des dommages oxydatifs dans la physiopathologie du cartilage. Ceci corrobore les études démontrant que la nature et l’abondance des peptides modifiés du collagène sont reliés aux changements pathologiques de maladies (van Huizen et al. 2020), et à ce jour les PTM du coll2-1 sont en grande partie encore méconnues. A notre connaissance, les seules méthodes analytiques développées à ce jour, pour le coll2-1 ainsi que de sa forme nitrée coll2-1 NO2, sont des méthodes immuno-enzymatiques (Billinghurst et al. 1997). L’action des enzymes de la matrice extracellulaire fait apparaître au sein du liquide articulaire de nombreux peptides comprenant la séquence HRGYPGLDG. Les méthodes immunologiques utilisées jusqu’à maintenant ne sont pas capables de les identifier ainsi que leurs PTM. Ce projet de doctorat à pour objectif l’identification et de quantification absolue des peptides de la famille du « coll2-1 » ainsi que les peptides résultants de leur PTM, dans les échantillons biologiques, par le couplage de la chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie de masse. Plusieurs approches pourront être envisagées pour l’identification, de la digestion in-silico afin de prédire les séquences peptidiques de la « famille du coll 2-1 », à la une digestion in vitro du collagène II et à l’extraction par immunoaffinité des peptides de la « famille coll2-1 » d’échantillons de liquides articulaires de patients atteints d’arthrose (collaboration U INSERM 1124, hôpital Cochin, Paris). L’analyse qualitative et quantitative des peptide de la « famille du coll2-1 » nous permettra de confirmer ou d’infirmer quels peptides de cette famille constituent non seulement un(des) biomarqueur(s) de la dégradation du cartilage mais également de l’arthrose, permettant le contrôle de sa progression et son suivi thérapeutique (Henrothin et al. 2017). Direction de la thèse : Pr Marie-Claude Menet Co-encadrement de la thèse : Dr Ninette Aboud-Mrad Contacts : ninette.abou-mrad@universite-paris-saclay.fr & marie-claude.menet@universite-paris-saclay.fr

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Offre de post-doc Université Paris-Saclay (12 mois)

Post-doc Offer (12 months): Exploring new formats and routes of administration for therapeutic monoclonal antibodies (mAbs): towards better stability Contact :…

Post-doc Offer (12 months): Exploring new formats and routes of administration for therapeutic monoclonal antibodies (mAbs): towards better stability

Contact : claire.smadja@universite-paris-saclay.fr, myriam.taverna@universite-paris-saclay.fr This postdoc is part of the large project ACCREDIA, bringing together a network of industrial and academic partners funded by the French government aiming at improving the knowledge, skill, and methodologies in antibody developability. The project’s ambition is to create new antibody formats and evaluate alternative routes of administration compared to the traditional ones (intraveinous or subcutanneous), in particular, the inhalation one. To achieve this goal, the post-doc will develop analytical based strategies to elucidate aggregation susceptibility of various mAbs and to predict antibody stabilities when administered with new routes of administration. The impact of the degraded forms on innate immunity cells will also be investigated in vitro in close collaboration with the consortium partners. Laboratory: Institut Galien Paris Saclay (IGPS), UMR CNRS 8612, PNAS team; Henry Moissan building, 17 avenue des sciences, 91400 Orsay (https://www.umr-cnrs8612.universite-paris-saclay.fr/ ) IGPS is an interdisciplinary research institute and is considered as one of the main actors in Europe in the field of nanomedicine and gathers analytical and physico-chemists as well as biologists and pharmacologists. PNAS team has a strong background in protein and peptide analysis. IGPS benefits from the strong presence of national research organizations, numerous state-of-the-art facilities, and scientific platforms of the Paris-Saclay University. Starting date: December 2023/January-february 2024, 12 months (extension might be possible) Financial support: PEPR contract 2023-2026 (ACCREDIA) Candidate profile: PhD, Analytical chemist interested by cell biology and Immunology. knowledge on mAbs/proteins analysis. To apply: send CV, cover letter and one or two references to claire.smadja@universite-paris-saclay.fr and myriam.taverna@universite-paris-saclay.fr Salary (gross) : ranging from 2889,51 to 4082,90 € per month depending on experience  

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Offre de thèse Université Paris-Saclay

Offre de thèse: Développements analytiques pour l'exploration de l'impact de la formulation sur la stabilité des anticorps monoclonaux thérapeutiques Les…

Offre de thèse: Développements analytiques pour l'exploration de l'impact de la formulation sur la stabilité des anticorps monoclonaux thérapeutiques

Les anticorps monoclonaux thérapeutiques (Acms) présentent un haut potentiel thérapeutique en raison de leur grande spécificité pour leur cible thérapeutique. Cependant, ils peuvent aisément se dénaturer ou s’oligomériser avec pour conséquence de provoquer des réactions immunogènes importantes délétères pour le patient. Pour prévenir ces dégradations des excipients sont ajoutés dans la poche à perfusion lors de la formulation des Acms. Cependant, la capacité de ces excipients à prévenir les altérations des Acms soumis à ces stress reste mal évaluée. Au cours de cette thèse, nous nous proposons d’évaluer la résistance à la dégradation des Acms, formulés soumis à des stress, relatifs au contexte hospitalier (agitation, UV,..). Pour cela, nous utiliserons le profil électrophorétique obtenu après analyse des Acms par isoelectrofocalisation capillaire, qui permet de séparer les variants de charge des Acms. Celle-ci-sera couplée à une approche chimiométrique basée sur le traitement du signal mise en place très récemment au laboratoire (Tardif et al., 2023). L’étudiant pourra concevoir d’autres stratégies analytiques, séparatives (chromatographie d’exclusion stérique et électrophorèse capillaire) et spectroscopiques, pour identifier le type de dégradation de ces Acms utilisés en thérapeutique (e.g. altération de la conformation ou formation de petits agrégats). Des méthodes innovantes utilisant la chromatographie liquide haute performance à deux dimensions combinant la chromatographie d’interactions hydrophobes et la chromatographie d’échanges d’ions seront également développées. Ces études seront menées sur des Acms monoclonaux formulés sous forme de poches de perfusion ou de nébulisât.

Ce doctorat s’intègre également dans le cadre d’un réseau de collaboration pluridisciplinaires autour des anticorps monoclonaux thérapeutiques. Compétences Ce sujet s'adresse aux étudiant (e)s motivé(e)s par les sciences analytiques (principalement séparatives) et les biomédicaments pour rejoindre une équipe dynamique. Nous recherchons des candidats sachant travailler en équipe, motivés, et dotés d'un esprit critique et ouvert. Un bon niveau d’anglais (maîtrise de l'anglais oral et écrit) et de rédaction sont attendus. Equipe d’accueil : Institut Galien paris-Sud : équipe protéines et nanotechnologies en sciences analytiques http://www.umr-cnrs8612.universite-paris-saclay.fr/pres_eq4.php Financement de la thèse Contrat doctoral de l’ED 2MIB (Université Paris-Saclay). Modalités de candidature Adresser un CV et une lettre de motivation et au moins deux références (personnes susceptibles d'être contactées) à claire.smadja@universite.paris-saclay.fr, avant le 30 mars 2024

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